BioMarkers & Diagnostic-Man vs AI

The World Health Organization (WHO),  has defined a biomarker as “any substance, structure, or process that can be measured in the body or its products an influence or predict the incidence of outcome or disease.” In Wikipedia.

Biomarkers are critical to the rational development of drugs and medical devices. Examples of biomarkers include everything from blood pressure and heart rate to basic metabolic studies and x-ray findings to complex histologic and genetic tests of blood and other tissues. Biomarkers are measurable and do not define how a person feels or functions. A diagnostic biomarker refers to a biological parameter that aids the diagnosis of a disease and may serve in determining disease progression and/or success of treatment. Biomarkers can be used to diagnose phenotyping, so to detect or confirm the presence of a disease, or to identify different diseases sub-types and even different habitats within a single lesion.

Those are:
-Blood Tests
-Brain Imaging
-ECG
-Cerebrospinal Fluid
-Physiological Tests
-Saliva Tests
-Urine Tests
-Combination of Methods.

The complete blood count (CBC) is one of the most common blood tests. It is
often done as part of a routine checkup. This test measures many different
parts of your blood, including red blood cells, white blood cells, and
platelets. They help doctors check for certain diseases and conditions. They
also help check the function of your organs and show how well treatments are
working.

But crucial point of having blood test is to interpretation of the numbers. Reference ranges (reference intervals) for blood tests are sets of values used by a health professional to interpret a set of medical test results from blood samples. Here starts problems and maybe misdiagnosis and misuse of medicines. References range may vary with age, sex, race, pregnancy, diet, use of prescribed or herbal drugs and stress, laboratories etc. Nothing In Life Is ‘One Size Fits All’ . For example, should on a lab  report only one reference range , say for HgA1c normal level is below 5.7%, a level of 5.7% to 6.4% indicates prediabetes, and a level of 6.5% or more indicates diabetes, and prescribe medicine for that, it might be a wrong decision. It may lead a misdiagnosis of diabetes in the elderly. This reference increasing to 6-6.5% for individuals aged 40–59 years while for people aged ≥60 years and might be 6.5-7 % even higher according to some researches. Reference intervals for men and women differ only slightly.

Another misleading point on some lab report  those limits either might be wrong or out-of-date. Very specific example of that here in Ankara on Public Health Lab report reference range for HDL written as between 40-60 and every time you get a lab report, you get your HDL level market as “our of range”. Whereas the higher HDL the better sign of health.  Other values also might not be consistent with the latest research outcomes.

Other than that physical fitness, exercise routine plays an important role and there are different numbers should be punched in for athletes’ categories. Mostly your age, sex and maybe weight and BMI be on the paper but not reference ranges for biomarkers. It is common to see many different counts due to hydration status, electrolyte balance (specifically Na+ & K+) may be outside the normal range. The lifestyle of an athlete at many levels is abnormal, and so too are their blood tests. For example It is well known that athletes have lower heart rates (bradycardia) than non-athletes. This is generally considered a healthy adaptation. But when you go for a check up or for any other reason and get your rate measured, you may be labelled as having a syndrome of something. Test followed by an exercise results very different numbers such as: Regular exercise causes an increase in the number of RBCs in the blood, a urine test may be positive for blood, anemia is a fairly common problem for runners, protein may be detected in the urine within 30 minutes of strenuous exercise, blood levels of CK- Creatine Kinase   are elevated following exercise, AST, one of the tests that evaluates liver function, levels will be elevated following exercise, blood sugar will be elevated. Besides these immediate effects long term differences requires the athletes be viewed in another windows of reference ranges.

Most of diagnostics are based on biomarkers. Even we assume that everything would be as is supposed to be and you have  %100 correct lab report, measurements, reference ranges, you are still way away from having a perfect diagnostic. Because these biomarkers, tens, hundreds should be interpreted correctly. Since there are lots of correlation of baseline biomarkers, it is very hard for a human being to see, evaluate and correlate these biomarkers and make a diagnosis.

Now In clinical practice efforts are already ongoing to apply AI to obtain new imaging data and improve the stepwise development of radiomics and validation of biomarkers, so instead simply human interpretation which is depend individual limited time and correlation capability AI will do the job much more faster and higher accuracy.

 We often see news like “120 pulmonologists from 16 European hospitals evaluated 50 cases with PFT and clinical information, resulting in 6000 independent interpretations. The AI software examined the same data. American Thoracic Society/European Respiratory Society guidelines were used as the gold standard for PFT pattern interpretation. The gold standard for diagnosis was derived from clinical history, PFT and all additional tests. The pattern recognition of PFTs by pulmonologists (senior 73%, junior 27%) matched the guidelines in 74.4±5.9% of the cases (range 56–88%).  Pulmonologists made correct diagnoses in 44.6±8.7% of the cases (range 24–62%) with a large interrater variability (κ=0.35). The AI-based software perfectly matched the PFT pattern interpretations (100%) and assigned a correct diagnosis in 82% of all cases (p<0.0001 for both measures).
Ref:Artificial intelligence outperforms pulmonologists in the interpretation of pulmonary function tests

Wayland Koşu Günlüğüm

3 yıllık Covid karantinası sonrası nihayet Wayland MA’da yaşayan çocuklarıma ve torunlarıma bir ziyaret ayarlayabildim. Aldıkları yeni evi görmek ve çocuklarımla tanışmak beni heyecanlandırdı. Diğer bir düşüncem de, koşu yapacağım en iyi rotaları bulmaktı. Boston Run To Remember’da iki kez yarı maraton koşmuştum ve Boston’ın koşmak için iyi bir yer olduğunu biliyordum, rotalar, manzara, saygılı sürücüler vb.

İlk gün, oğlumun komşusu olan Dr MD, David Morris ile tanıştım ve ertesi sabah için birlikte bir koşu organize ettik. Bölgede yabancı olduğum için WaylandQdaki koşu parkurlarını ve sokaklarını tanımak için iyi bir fırsat oldu. Ertesi sabah bir araya geldik ve David, bir hastanede acil servis doktoru olarak çalışmak için ayırdığı kısıtlı zamanı nedeniyle beni kısa bir yola çıkardı. Woodridge Yolu, Wayland Mid-School,, Loker İlkokulu üzerinden evimizden başlayıp yaklaşık 6 km’lik eve dönüş yaptığımız bir turu tamamladık.

Ertesi gün yalnızdım. Rastgele bir rota seçtim. Rice Road’da koşarken, bir göletin yanına park etmiş arabaları gördüm. Bu bir patika için başlangıç noktası imiş. Bir ormanın içinden tırmanmaya başladım. Yerin adının Hamlen Woods olduğunu sonradan öğrendim.

Bir süre koştuktan sonra ormanda kayboldum1. Ağaçlarda tabelalar ve köşelerde harita vardı ama ne yazık ki gözlüksüz olduğumdan sorunu çözemedim. Geri koşabilir ve girdiğim aynı noktaya ulaşabilirdim ama bu benim için değildi. Tanrıya şükür köpekleriyle yürüyen insanlar vardı. Sonunda diğer yöne, havuzlara ve Riec Road’a doğru yolumu buldum, buradan eve dönmek kolaydı. Sıcak ve nemli bir gündü. Eve geldiğimde serinlemek için havuza daldım. Kısa ama zorlu bir parkur koşusuydu, toplam 9K ve 58 dakika sürdü, toplam çıkış 120 metreydi.

Üçüncü koşum, Natick’teki başka bir göle, Kuzey Gölü’ne veya Cochituate Gölü’ne doğruydu. Yine hiçbir hazırlık yapmadan yola çıktım. Göle ulaşmak için yolda biraz mesafe koşmam gerekti. Girişe ulaştığımda gölün etrafında koşmak için bir yol gördüm. Lake Beach’te tanıştığım 77 yaşındaki gazisi Max’ten bana bir yön vermesini istedim. Bana etrafı gezdirdi ama o gün için çok fazla olduğu için etrafı turlamadım ve ikinci olarak özel bir alan gördüm ve kimseyi rahatsız etmek istemedim. Geri döndüğümde koşu mesafem 12K idi. Her geçen gün bölgeyi, yolları ve çevreyi öğreniyordum.

Daha sonraki bir gün adidas pro yarı karbon koşu ayakkabım2 geldi.

Aslında, bir şansım varsa ve bunu karşılayabilirsem, “Nike ZoomX Vaporfly NEXT% 2, Adidas Adizero Adios Pro 2.0, HOKA Carbon X 2, ASICS MetaSpeed, Brooks Hyperion Elite gibi gerçek bir karbon kaplama ayakkabıyı (CPS) deneyebilirim. 2, New Balance FuelCell RC Elite v2, Saucony Endorfin Pro 3” ve daha pek çok ayakkabı fiyatları 200-250 dolar civarında.

Nike’ın öncülük ettiği bu ayakkabılar, başlangıçta sadece elit koşucular için piyasaya sürülmüştü. Eliud Kipchoge, bu tür ayakkabılardan biriyle koşarak 2 saatin altında maraton koşan ilk atlet olarak tarihe geçti. Ancak pek çok marka ve türün piyasaya çıktığı günümüzde, biz rekreasyonel koşucular için bunlardan birini alma zamanının geldiğini söyleyebiliriz. Ama o pahalı ayakkabılardan birini giydiğimde sallanan bir beşik gibi hissettim ve çok çabuk parçalanacakları belliydi. Bu yüzden teknolojiyi daha sonra tam olarak kullanmaya karar verdim ve 100 $ fiyatla bir çift “Adidas Adizero Adios Pro” sipariş ettim. Orta tabana konulan yarı-karbon plaka ile 250$’lık gibi sert değil ama daha çok hoşuma gitti. Adidas’ımı ilk kez bağladım ve ilk kez koşacağım başka bir rotaya yöneldim. Başlangıçta bayır yukarı idi. Ama yine de ayakkabının farkını hissettim, kişisel verilerime göre. Plasebo etkisi ya da veya ayakkabıdan sanki çok daha hızlı koşuyordum? Altıncı kilometrede yol ayrıldı ve rastgele seçtim, hangisi sağa gidiyor. Bu noktada, Rice Road tabelasını görene kadar aşağı doğru koştum. Bu noktadan sonra, 1h4 ve 12k’den sonra, eğimli ve bilinmeyen topraklarda oldukça hızlı bir tempoda kolayca geri döndüm.

Boston daha önce bahsettiğim göllerle dolu. Bugünkü koşumda Dudley Gölü’ne doğru bir rota için çalıştım. Telefonumu yanıma almadım, GPS yok, sadece koşu öncesi haritada biraz çalışmıştım. Ama göle ilk gidişim olduğu için dönüm noktasını kaçırdım ve kendimi Saxonville adlı bir köyde buldum. Orada hedefimi pas geçtiğimi anladım ve eve dönüş yolunu aramaya başladım. Elm Sokağı tabelasını gördüm fakat bir anlam vermedi. CAdde boyu koştukça hedeften ayrıldığımı hissettim. Bir keresinde çıkmaz bir yola girdim. Bir noktada Su Kemeri tabelasını gördüm. Yükseltilmiş bir yoldu ve bir bariyerden geçerek orada koşmaya başladım. Asfaltta koşmaktan çok daha iyiydi. Böylece başka bir büyük caddeye ulaştım, karşıya geçtim ve başka bir su kemeri. Sonunda, birkaç gün önce koştuğum Wayland Main Street’e çıktığımı anladım. Toplam mesafe 16K olarak hesapladı Garmin saatim.

Dudley Pont’un etrafında koşacağıma söz vermiştim kendime. Bu sefer gölete ulaşan sokağın adını ezberledim. Bu koşuda doğru noktadan döndüm ve göletin etrafında uzanan Lakeshore yolunu buldum. Bundan sonrası kolaydı.

Başka bir gün Doğu’ya Weston’a doğru yola çıktım. Bu kasaba MA’daki en pahalı çevrelerden biri olarak bilinirmiş. Evler daha ihtişamlı, geniş, bol bahçeli ve pahalı görünümlü idi. Yolun devam ettiğini görünce ilk sokaktan kuzeye Pine Street tabelasına döndüm. Döndüğüm sokak bu sefer uçsuz bucaksız görünüyordu. Eve dönüş için batıya dönmem gerektiğini hissediyordum. Ama dönüş yolu görünmüyordu. Sonunda sola doğru ilk çıkan sokağa girdim ve bir süre sonra kendimi evin 6-7 km kuzeyindeki Boston Post Road’da buldum. Buradan önceden koştuğum Old Connecticut Caddesini gördüm. Oradan Rice Street ve back to home. Toplam koşu, 110m yükselişle 12K idi ve yaklaşık 1:10 saat sürdü. Bu koşuya Weston Koşusu adını verdim.

Wayland’den ayrılmadan önceki son koşum yine Dr David’leydi.
Aynı rotayı koştuk ve bir daha ki sefere kadar vedalaştık. Keşke bir gün Boston
Maratonu koşsam. İstanbul Maratonu’nda koştuğum süreye göre yaş grubumda Boston Maraton’a katılmak için kalifiye olsam da, Nisan ayındaki bu yarış Boston’da kalış süreme uymuyor.

“Sağlığa Koşu” kitabımda bahsettiğim egzersizin sağlığa faydalarının yanı sıra yeni bir şehirle tanışmak ve teknolojik aletlere bağımlı olmamak, oryantiring3  egzersizi, insanlarla tanışmak gibi birçok fayda sağlıyor. , başkalarıyla koşmak, egzersizi eğlencelibir sosyal duruma dönüştürebilir.

ANA SAYFAYA GİT

Wayland, MA, 1-26 Ağu 2022

1 Her türlü koşu ekipmanım, GPS yüklü cep telefonum, Garmin Koşu Saatim hatta Oura Ring’im var.
2 Literatürde bulduğum şey, CPS, ayakkabının orta tabanına gömülü kavisli bir karbon fiber plakadır. Plakanın kendisi bir bıçak gibidir ve hafif karbon fiberden yapılmıştır. Bu bıçaklar, atletin daha uzağa, daha hızlı ve daha az yorularak koşmasını ve sıçramasını sağlayan bir “yay” gibi kinetik enerjiyi (koşarak üretilen) depolar. Her adımda, sert karbon fiber plaka, ayakkabıdaki yastıklama malzemesinin daha hızlı sıkışmasına ve genişlemesine yardımcı olarak, koşucu hareket ettikçe daha fazla enerji geri döndürür. Karbon fiber plaka ayrıca koşucunun ayak bileğini stabilize etmeye yardımcı olarak dönme kuvvetini azaltır ve iş yükünü azaltır. Teorik olarak, karbon plaka, koşucuların bir yarış veya sıkı çalışma boyunca daha uzun süre “daha dinç” kalmalarına yardımcı olurken, daha az zorladığından koşu sonrası daha hızlı toparlanmaya yardım eder. Şimdilik  koşucu süratine %4 kadar bir katkı sağladığı iddia edilmekte, ayakkabı üreticileri tarafından.
3 Oryantiring, 1800’lü yıllarda İsveç’te ortaya çıkan oryantiring, zaman karşı yarışan katılımcıların pusula ve harita yardımıyla hedefleri bulduğu bir spor branşıdır.  Oryantiring müsabakasında amaç araziye yerleştirilmiş hedefleri en kısa sürede bulup parkuru tamamlamaktır.
4 Wayland, Wayland, Amerika Birleşik Devletleri’nin Massachusetts eyaletinde yer alan ve Middlesex ilçesinde yer alan sessiz, ormanlık, muhteşem doğa ve yabani hayvanların bulunduğu Amerikanın en yaşanılası seçilen küçük bir kasabasıdır. 2022 yılı toplam 4.761 hanede  14.038 kişi bulunmaktadır. Wayland’daki ortalama yıllık hane geliri 237.882 dolar.

Egzersiz Mitleri

DANIEL LIEBRMAN: Daniel E. Lieberman, Harvard Üniversitesi’nde Department of Human Evolutionary Biology paleontoloji profösörüdür. İnsan, homo sapiens anotomisi evrimi üzerine yaptığı araştırmalarla tanınır. Bu konuda bir çok makale ve kitabı olduğunu yazmaya gerek yok. Ancak egzersiz konusunda da kitaplar yazmış. Ben de internette bulduğum egzersiz ile ilgili araştırma ve düşüncelerini aktardığı yazıyı çevirerek ülkemizde de insanların bilmeden özellikle yaşlıların koşmamalarını öneren eski kafaların üfürmelerine hemen inanmamaları ve biraz daha araştırma yapmalarını sağlamak istedim. Bu arada benim 2019 yılında yayınlanan “Sağlığa Koşu” kitabım ve bu sitedeki bir çok yazıda yaptığım önermelerin yıllar sonra Harvard’lı bir prof tarafından tekrarlanmasını anlamlı buldum.

Çeviri buradan başlıyor.
Aman Tanrım, egzersizle ilgili o kadar çok efsane var ki, nereden başlayacağınızı bilmek zor. Efsaneler atalarımızın gerçekten inanılmaz derecede güçlü olduğu, hız ve güç arasında “trade-off “olduğu, yani birini yapmak için diğerinden taviz vermek gerekeceği, yaşlandıkça fiziksel olarak daha az aktif olmanızın normal olduğu, mükemmel bir egzersiz türü süresi olacağı… Pek çok insanın egzersiz konusunda araştırmalar yaptığını görüyorum. Bu yüzden, evrim ve antropoloji gözlüklerimi kullanarak fiziksel aktivite ve egzersiz hakkındaki birçok efsaneyi çürütmek için bir kitap yazmak istedim. İnsanların üzerinde evrimleştiği herhangi bir fiziksel aktivite varsa, o da yürümektir. Yürüyüş, insan fiziksel aktivitesinin en temel temel şeklidir.

Ortalama bir avcı-toplayıcı türü günde 10, 15.000 adım atıyor olması gerekir. Pandemiden önce ortalama bir Amerikalı, günde 4.700 civarında adım atıyordu. Amerikalıların sadece %20’si, dünyadaki sağlık kuruluşlarının bir yetişkin için minimum olduğunu düşündüğü, haftada 150 dakika olan egzersiz seviyesine erişmekte (Bu rakam WHO tarafından 2021 yılında haftalık 300 dakikaya çıkarılmıştır.) Yani %80’imiz gerçekten çok temel miktarda egzersiz yapmak için mücadele ediyor ve başarısız oluyor, ancak neredeyse herkes yeterince egzersiz yapmak istediğini söylüyor. Artık fiziksel olarak aktif olmak zorunda olmadığımız bir dünyada yaşıyoruz. Bu durumda, daha da çok fiziksel olarak aktif olmayı seçmek zorundayız ve bu o kadar kolay değil. Çünkü Taş Devri’nde eliptikler, koşu bantları ve başka tür egzersiz aletleri yoktu. Kalp atım hızınızı yükseltmek istiyorsanız, muhtemelen koşuyordunuz. Ve koşmakla ilgili en büyük efsanelerden biri de dizlerinizi mahvedeceği idi.

Daha fazla koşan insanların artrit alma olasılığının daha yüksek olmadığını gösteren binlerce araştırma, bir düzineden fazla randomize, “controlled-perspective, gold-standart” araştırmalar var. Aslında birçok araştırma, koşma gibi fiziksel aktivitelerin eklemlerinizin kendi kendilerini onarmasına ve sağlıklı kalmasını sağladığını gösteriyor. Koşma yaralanmalarının bir çoğuna ise bence, düzgün koşmayı becerememiz neden oluyor. Koşmak, yüzmek ya da yaptığımız diğer faaliyetler gibi bir beceridir. Diğer bir konu ise, insanlar diğer kültürlerde, özellikle Taş Devri’nde, koştuklarında, her gün ve düzenli olarak koşmadılar ve muhtemelen belki haftada bir kez ya da buna yakın bir şekilde koşmaya giderlerdi. Yani, yollarda haftada beş, altı kez uzun mesafeler koşma fikri, vs., bunların hepsi biraz tuhaf Batılı adetleri ve bunda illa ki yanlış bir şey yok ama, bunun doğrusunu da öğrenmeniz gerekiyor. Ve yeterince güç kazanmanız, koşma becerilerini öğrenmeniz gerekiyor; ama bunları yaparken de insanları koşmaktan soğutmamak gerekir.

Batı dünyasında egzersiz hakkında düşündüğümüz en zararlı, en ciddi, en sorunlu, en endişe verici adet, inanış insanların yaşlandıkça fiziksel olarak daha az aktif olmalarının normal kabul edilir olmasıdır. Biz Amerikalılar, yaşlandıkça gücümüzün hızla azaldığını biliyoruz. 60’lı ve 70’li yaşlardaki insanlar oldukça zayıflar, ancak avcı-toplayıcılar yaşlandıkça fiziksel olarak aktif kalırlardı, çünkü sürekli birşeylerle uğraşırlardı. Bir şeyleri kaldırmak, taşımak ve onları güçlü tutan şeyleri yapmak zorundaydılar. Sonuç olarak, güçlerini koruyorlardı ve bu güç önemli idi; çünkü yaşlanmanın gerçekten ciddi, en zararlı sorunlarından biri “sarkopeni” dir. Sarco “kas” ve penia “kayıp”tır – yani sarcopenia kas kaybı demek oluyor. Batı’da insanlar yaşlandıkça, çok fazla güç ve kuvvet kaybetme durumundadırlar ve bu da en temel, gerekli görevlerini yerine getirmeyi güçleştirmektedir. Ve bu durumda insanlar daha az aktifleşir hareketsizleşir. Daha az aktif olduklarında da daha az formda olurlar. Ve gerçekten feci, kısır bir döngüyü harekete geçirmiş olurlar.

Yaşlandıkça, sağlığınızı korumak, güçlü ve sağlıklı kalmak için gerçekten önemli olan güç kayıplarını önleyebilmemiz için, kuvvet antrenmanı giderek daha önemli hale gelmiştir. Eşsiz bir türüz, üremeyi bıraktıktan çok sonra yaşamak için evrimleşiyoruz. Genellikle fiziksel aktivitenin yaşam süresi üzerindeki etkilerini, daha ne kadar yaşayacağımızı düşünürüz. Modern tıptan önce, ne kadar yaşayacağınızı belirleyen şey, aslında ne kadar sağlıklı olduğunuz, “sağlık süreniz”di. Ve bu yüzden sağlık süresi gerçekten anahtar konumundadır. Ve fiziksel aktivitenin sağladığı fayda, sağlık sürenizi uzatmasıdır ve bu nedenle sağlık süreniz, yaşam sürenizi uzatır. Bu yüzden yaşlandıkça, fiziksel aktiviteyi kesmeyelim. Onu koruyalım, biraz güçlenelim, biraz dayanıklılık kazanalım. Kanıtlar tartışılmaz. Yaşlandıkça daha fazla fiziksel aktivitenin gerçekten faydalı olduğunu gösteren tonlarca veri var. Ve diğer araştırmalar da aynı şeyi gösteriyor – yaşlandıkça fiziksel aktivite sağlığınızı korumak için daha az önemli değil, daha da önemli hale gelmektedir.
Video için link Exercise Myths Debunked

ANA SAYFAYA GİT